Jeffrey Dean Morgan, geboren in Seattle, is de zoon van Richard Dean en Sandy Thomas.

Hij ging naar de Ben Franklin school, universiteit en de middelbare school Rose Hill Lake Washington in Kirkland, een voorstad van Seattle. Morgan speelde basketbal in de middelbare school en op de universiteit tot hij een knieblessure, die zijn verlangen naar sportcarrière beëindigd. "De enige reden dat ik ging naar de universiteit was om basketbal te spelen", zei hij in een interview met EntertainmentOnline in 2003. Hij verliet de school met de bedoeling van het schilderen en schrijven. Zijn acteercarrière begon enigszins per ongeluk: hij hielp een vriend verhuizing van Seattle naar Los Angeles en had om daar te blijven een weekend, maar niet teruggekeerd. Hij was ook een grafisch ontwerper. Het is in een relatie met de actrice Hilarie Burton sinds 2009, met wie hij een kind had in maart 2010 (de naam Augustus). Ze verloofden zich in 2012.

In 2016 won hij de felbegeerde rol van Negan, een personage uit de tv-serie The Walking Dead verschijnt voor de eerste keer in de laatste aflevering van seizoen 6.