Het eerste fossiel van Stegosaurus werd ontdekt in 1877. Het geslacht kreeg datzelfde jaar van de beroemde professor Marsh zijn naam, die "daksauriër" betekent. Er werden later nog veel meer fossielen van Stegosaurus gevonden. Vaak werden die als aparte soorten gezien, ook als hun skelet maar weinig anders was. In totaal zijn er zo veertien soorten benoemd binnen het geslacht. Welke soorten daarvan echt zijn, is erg omstreden. Geen enkele werd rond 2010 door alle wetenschappers als geldig beschouwd, zelfs niet de toenmalige typesoort Stegosaurus armatus. In 2013 is daarom een nieuwe typesoort aangewezen: Stegosaurus stenops.